Fujitsu CODA Fujitsu Chromatography On Demand Solution

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====== Présentation de l’interface pour la détection de traces moléculaires dans un échantillon ======
**Manuel utilisateur**


Propriété : Fujitsu Systems Europe

Résumé : Ce document décrit l’interface utilisateur qui a été développé dans le cadre de la solution de la chromatographie à la demande de Fujitsu pour automatiser la détection de traces moléculaires dans un échantillon.




====== Informations générales  ======

  * L’application est une application web, donc les mécanismes web fonctionnent:
    * Rafraichir l’application: touche F5 / bouton Reload du browser
    * Revenir en arrière: touches Alt + ← / flèche ← du browser
    * Revenir en avant: touches Alt + → / flèche → du browser
    * Fermer une fenêtre : touche Echap
  * L’application utilise les cookies du navigateur web afin de sauvegarder les préférences de l’utilisateur tel que les proportions entre les différents panneaux d’une vue, les filtres appliqués sur les listes, la configuration des tableaux, les couleurs de l’interface, la taille des chromatogrammes, l’affichage de la navigation (voir __Panneau de préférences utilisateur__).
  * L’application est optimisée pour une résolution d’écran de 1920x1080px.
  * L’application est optimisée pour fonctionner sur le navigateur web Google Chrome.
  * Lorsque l’URL entrée n’est pas correcte, une page d’erreur 404 s’affiche :

{{ :fujitsu:alphacod:manual:image2.png?400 }}

{{anchor:login_page}}
====== Page de login  ======

{{ :fujitsu:alphacod:manual:image3.png?456x527 }}

  * Tapez le nom d‘utilisateur dans la zone « Username »
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image4.png?35x32}} Tapez le mot de passe dans la zone « Password »
  * Le mot de passe est masqué de base mais peut être visible en cliquant sur le bouton:
  * Cliquez sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image5.png?156x16}} pour vous logger et accéder à la __Vue Backlog__


====== Zone et parties communes  ======

===== Entête de l’application =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image6.png?604x34}}

Chaque vue de l’application a une zone d’affichage commune, c’est la zone de titre où on retrouve:

  * Le titre de l’application : {{:fujitsu:alphacod:manual:image7.png?347x31}}
  * Le widget des messages (__Widget des messages__) : {{:fujitsu:alphacod:manual:image8.png?42x41}}
  * Le widget d’activité (__Widget d’activités__) : {{:fujitsu:alphacod:manual:image9.png?47x47}}
  * Le widget de recherche (__Widget de recherche__) : {{:fujitsu:alphacod:manual:image10.png?172x42}}
  * Le menu général avec les 2 premières lettres de l’utilisateur courant (__Menu général__) : {{:fujitsu:alphacod:manual:image11.png?47x46}}



===== Bulles d’information =====

Les popups s’affichent toujours au même endroit et permettent d’informer l’utilisateur sur les actions de l’application :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image12.png?303x75}}

{{:fujitsu:alphacod:manual:image13.png?272x59}}

{{:fujitsu:alphacod:manual:image14.png?391x124}}

{{:fujitsu:alphacod:manual:image15.png?257x89}}

{{:fujitsu:alphacod:manual:image16.png?448x116}}

Les bulles d’information se ferment au bout de 4 secondes. Un barre de progression de la fermeture représentant ces 4 secondes est présente sur le bas de chaque message.

Il est possible de ne pas attendre les 4 secondes et de fermer le message en cliquant dessus.

De même, en survolant le message le timer de fermeture se met en pause permettant de voir le message aussi longtemps qu’on le survole.

Lorsqu’un message se ferme, il est automatiquement ajouté dans la boite des messages. (voir __Widget des messages__)

===== Tables =====

==== Généralités ====

Toutes les tables de l’application ont un mécanisme de tri des colonnes. Au survol du titre d’une colonne, une flèche apparait en transparence indiquant qu’il est possible de trier cette colonne :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image17.png?59x24}}

En cliquant sur le titre de la colonne, la colonne se trie soit de façon descendante soit ascendante:

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image18.png?63x22}} : Ordre ascendant (A -> Z, 0 -> 99)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image19.png?59x23}} : Ordre descendant (Z -> A, 99 -> 0)

Toutes les tables de l’application (sauf __Vue Backlog__) ont un mécanisme de sélection multiple. Une boite de sélection est présente en tant que première colonne : {{:fujitsu:alphacod:manual:image20.png?32x27}}.

La boite de sélection présente en tant que titre de colonne permet de sélectionner toutes les lignes ou toutes les désélectionner. Lorsqu’une sélection est effectuée, une pastille apparait à coté de cette boite de sélection principale pour informer sur le nombre de lignes sélectionnées : {{:fujitsu:alphacod:manual:image21.png?39x36}}.

Une boite à bouton apparait également lors d’une sélection proposant les actions possibles à faire sur la sélection : {{:fujitsu:alphacod:manual:image22.png?57x31}}.

Un clic sur un des boutons applique l’action sur toutes les lignes sélectionnées. Les actions possibles seront détaillées dans les parties explicatives des différentes tables de l’application.

Chaque ligne de tableau qui affiche un objet peut être ouvert dans un onglet différent du navigateur. Pour se faire il faut appuyer sur Ctrl + Clic souris. La nouvelle vue est automatiquement ouverte dans un nouvel onglet et l’objet de la ligne est chargé.\\
Il existe une possibilité de visualiser chaque objet des tableau dans leur version brute comme en base de donnée. Pour se faire, il faut appuyer sur Ctrl + Alt + Clic souris. Une nouvelle fenêtre apparait avec l’objet chargé. Il est ainsi possible d’explorer l’objet tel qu’il est en base de donnée :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image23.png?397x368}}

Toutes les tables de l’application (sauf __Vue Backlog__) ont la possibilité d’être customisés.

==== Customisation ====

Pour les tables paramétrables, en survolant la table un bouton de customisation apparait avec un pictogramme de roue crantée: {{:fujitsu:alphacod:manual:image24.png?25x22}}.

Un clic sur ce bouton ouvre la fenêtre de customisation de la table :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image25.png?328x227}}

Depuis cette fenêtre il est possible de modifier l’ordre des colonnes de la table (sauf la colonne de sélection si présente), leurs largeurs ainsi que leur visibilité.

  * Ordre: Pour modifier l’ordre des colonnes, il suffit de les déplacer manuellement.
  * Largeur : Pour modifier la largeur d’une colonne, il suffit de modifier la valeur contenue dans l’encart « size ».
  * Visibilité : Pour masquer ou afficher une colonne, il suffit de cliquer sur le bouton ave le pictogramme d’œil.
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image26.png?28x20}} : Visible
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image27.png?34x24}}: Non visible

Une fois les modifications effectuées, cliquez sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image28.png?35x14}} pour les sauvegarder ou {{:fujitsu:alphacod:manual:image29.png?47x14}} pour annuler. Dans les deux cas, la fenêtre se ferme.

Pour revenir aux valeurs par défaut de la table, cliquez sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image30.png?55x18}} qui fermera également la fenêtre.

==== Colonnes ====

=== Flags ===

Certaines tables ont une colonne « Flags » qui est représentée par un pictogramme qui représente le niveau du flag le plus sévère présent pour le composé :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image31.png?22x25}} : Niveau question (uniquement sur __Vue Backlog__)

{{:fujitsu:alphacod:manual:image32.png?25x24}} : Niveau information

{{:fujitsu:alphacod:manual:image33.png?30x25}} : Niveau attention

{{:fujitsu:alphacod:manual:image34.png?25x23}} : Niveau erreur

Le survol du pictogramme a pour effet d’afficher une fenêtre flottante contenant les principaux détails des flags :

^{{:fujitsu:alphacod:manual:image35.png?247x385}}^^

Vue détails complets des flags :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image36.png?569x297}}

La vue détaillée complète reprend les informations vues précédemment pour la fenêtre flottante et remplace le détail unique du channel principal par le détail de tous les channels. Elle s’obtient en cliquant sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image37.png?63x16}} de la fenêtre flottante mais aussi en cliquant sur le pictogramme du flag représentant son niveau le plus élevé.

Le channel principal est représenté avec {{:fujitsu:alphacod:manual:image38.png?24x21}}.

Dans le cas de flags provenant d’une calibration, seul l’onglet {{:fujitsu:alphacod:manual:image39.png?64x26}} est présent. Dans les autres cas, l’onglet {{:fujitsu:alphacod:manual:image40.png?82x24}} est présent également (voir __Détails__).

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image41.png?54x19}}permet de fermer la fenêtre.

=== Notes ===

Certaines tables ont une colonne « Note » qui est représentée par un pictogramme expliquant que des notes ont été écrites pour l’objet de la ligne (avec le nombre de notes): {{:fujitsu:alphacod:manual:image42.png?34x34}}

Le survol du pictogramme d’une note affiche la liste des notes :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image43.png?238x114}}

Pour chaque note, est affiché la date de création de la note, le message de la note et l’utilisateur qui a écrit cette note.

En bas de la fenêtre de visualisation des note, un bouton est présent pour ajouter une nouvelle note : {{:fujitsu:alphacod:manual:image44.png?18x20}}

Un clic sur ce bouton a le même effet que le clic sur le pictogramme d’une note, et affiche la fenetre d’édition d’une nouvelle note :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image45.png?342x188}}

Seul le message de la note est à renseigner. Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image46.png?32x19}} permet de sauver la note e le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image47.png?41x13}} permet d’annuler la création d’une nouvelle note.

Lorsqu’aucune note n’est présente, le bouton est représenté par : {{:fujitsu:alphacod:manual:image48.png?25x28}}

La visualisation des notes des objets de type Batch est différente :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image49.png?203x234}}

En plus des notes du Batch, il est possible d’accéder aux notes des objets héritant de ce batch. Les analyses {{:fujitsu:alphacod:manual:image50.png?26x29}} et les calibrations {{:fujitsu:alphacod:manual:image51.png?29x27}}. Le nombre de notes affiché sur le pictogramme d’une note de Batch est la somme des notes du batch + le nombre de note des analyses et des calibrations héritant de ce batch.

Un clic sur les boutons d’analyses note ou calibration note ouvre la fenêtre de visualisation des notes des analyses et des calibrations du batch hérité :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image52.png?604x190}}

La fenêtre comporte 2 onglets correspondants aux notes des analyses et aux notes des calibrations.

=== Modification ===

Certaines tables ont une colonne « Modified » qui est représentée par un pictogramme expliquant que l’objet de la ligne a été modifié par un opérateur : {{:fujitsu:alphacod:manual:image53.png?23x21}}

En cliquant dessus, une fenêtre reprenant toutes les modifications apparait:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image54.png?290x249}}

Chaque modification est représentée comme suit :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image55.png?288x46}}

  * Sur la gauche est affichée la date de la modification et l’opérateur ayant effectué cette modification
  * Au centre un pictogramme représentant l’action de modification
  * Sur la droite est affiché un résumé de la modification avec un pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image56.png?23x23}} permettant de visualiser sous forme de bulle informative le détail complet de la modification :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image57.png?258x67}}

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image58.png?38x15}} permet de fermer la fenêtre des modifications. De même, comme pour toutes les fenêtres, un clic en dehors de la fenêtre la fermera.

=== Validation ===

Certaines tables ont une colonne validation qui est spécifique au type de tableau (le détail des validations est décrit sur le détail de la table concernée).

La validation a plusieurs états :

Si aucune validation n’est effectuée, les boutons de validation sont tous gris : {{:fujitsu:alphacod:manual:image59.png?53x22}}

Si une validation est effectuée, alors le bouton de la validation correspondante est coloré : {{:fujitsu:alphacod:manual:image60.png?51x20}}

Les boutons de validation sont exclusifs et un clic sur un bouton de validation déjà activé aura pour effet de retirer la validation.

=== Badge sur le nom ===

Certaines tables ont une colonne « Peak name » contenant un pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image61.png?20x17}}. La présence du pictogramme après le nom est appliquée si le composé fait partie d’une molécule somme.

Au survole, le badge donne les informations sur la molécule somme associée, une bulle de détail apparait alors avec le nom, la formule et le coefficient :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image62.png?225x135}}

===== Chromatogramme =====

==== Vue normale ====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image63.png?340x260}}

La vue normale est la représentation des chromatogrammes depuis le __Panneau Chromatogrammes de composés__ et [[#panneau-chromatogrammes-danalyses|__Panneau Chromatogrammes d’analyses__]].

=== Contrôles ===

Il est possible de zoomer dans le graphique ainsi que se déplacer. Pour zoomer : Ctrl + Molette souris et pour se déplacer : Maintenir clic gauche et se déplacer.

Lorsqu’un zoom ou un déplacement a été effectué, une option de menu {{:fujitsu:alphacod:manual:image64.png?28x28}} apparait dans __Menu__ permettant de revenir à la position et zoom par défaut.

=== Informations affichées ===

Tout en haut est affiché le nom du composé ou de l’analyse. Ici « TNFA ».

== Les transitions ==

Les transitions (channel) disponibles pour le composé ou l’analyse sont affichées en haut à gauche.

{{:fujitsu:alphacod:manual:image65.png?115x56}}

La couleur du texte correspond à la couleur utilisée pour sa représentation dans le graphique.

Le pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image66.png?13x12}} indique quel channel affiche son aire. En cliquant sur une autre transition, la nouvelle transition obtient le pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image66.png?13x12}} avec la couleur associée et affiche ainsi son aire.

== Intégration ==

L’intégration de l’aire sous la courbe est représentée par une colorisation orange sous la courbe intégrée et bornée par deux points représentés par le pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image67.png?17x13}}.

L’intégration affichée est toujours celle correspondante à la transition sélectionnée (voir __Les transitions__).

Pour faire une réintégration, 2 possibilités :

  * Soit les points ({{:fujitsu:alphacod:manual:image67.png?17x13}}) sont déjà présents, et il suffit de déplacer ces points à l’endroit souhaité. Si le point a une ordonnée inférieure à 0, alors l’ordonnée de 0 sera appliquée.
  * Soit aucun point ({{:fujitsu:alphacod:manual:image67.png?17x13}}) n’est présent, alors il faut les créer. Pour ce faire, appuyez sur Ctrl + clic gauche au niveau de la courbe où vous souhaitez poser le premier point. Refaites Ctrl + clic gauche afin de poser le second point à l’endroit souhaité. Les points créés se positionneront toujours à l’aplomb sur la courbe.

En survolant les points d’intégrations, une bulle d’information s’affiche en présentant les coordonnées du points : {{:fujitsu:alphacod:manual:image68.png?141x28}}.

Une option du __Menu__ permet de revenir aux positions par défaut : {{:fujitsu:alphacod:manual:image69.png?33x36}} .

Une option du __Menu__ permet d’appliquer l’intégration à l’ensemble de la série : {{:fujitsu:alphacod:manual:image70.png?32x35}}.



== Temps de rétention ==

Lorsqu’ils sont connus, le temps de rétention de la calibration ainsi que le temps de rétention corrigé sont affichés sur le graphique par une barre verticale:

Temps de rétention de la calibration : couleur orange, label « RT Cal »

Temps de rétention corrigé : couleur bleu, label « RT Cor »

== Flags ==

Dans le coin supérieur droit, un pictogramme est affiché représentant le niveau du flag le plus sévère présent pour le composé ou l’analyse. Un clic dessus ouvre la fenêtre de détail du flag (voir __Flags__).

=== Menu ===

Lorsqu’on survole un chromatogramme, le bouton de menu {{:fujitsu:alphacod:manual:image71.png?25x14}} apparait dans le coin supérieur droit :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image72.png?239x190}}

En survolant le bouton de menu {{:fujitsu:alphacod:manual:image71.png?25x14}}, le menu s’ouvre :

^{{:fujitsu:alphacod:manual:image73.png?34x189}}^^

==== Vue détaillée ====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image74.png?525x277}}

La vue détaillée permet de visualiser plus aisément le chromatogramme mais également d’effectuer des superpositions de courbes pour les comparer.

Cette vue est composée de 3 zones :

  * Une zone où on paramètre les chromatogrammes que l’on souhaite visualiser
  * Une zone graphique où on affiche les chromatogrammes sélectionnés
  * Une zone tabulaire où on affiche les chromatogrammes sélectionnés

Il est possible de modifier les proportions d’affichage entre la zone graphique est les deux autres via le déplacement du séparateur représenté par {{:fujitsu:alphacod:manual:image75.png?16x13}}. En survolant le séparateur, l’indicateur passe à {{:fujitsu:alphacod:manual:image76.png?24x13}} indiquant que vous pouvez cliquer et déplacer ce séparateur.

=== Zone d’affichage tabulaire ===

{{:fujitsu:alphacod:manual:image77.png?428x145}}

Le tableau de résultat contient des colonnes qui peuvent être triées et customisées comme expliqué en __3.3__.

Par défaut, sans même changer la sélection depuis la __[[#zone-de-paramètre|Zone de paramètre]]__, l’analyse par qui la vue détaillée s’est ouverte sera toujours présente, même si la coche correspondante à son type n’est pas cochée.

Détails des colonnes spécifiques :

  * Display : permet ponctuellement d’afficher/masquer le channel de l’analyse souhaité :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image78.png?29x23}} : visible.

{{:fujitsu:alphacod:manual:image79.png?28x24}} : non visible.

  * Color : permet de repérer la courbe sur le graphe correspondante grâce à la couleur. Le type de trait utilisé pour entourer la couleur suit la règle suivante :
    * Channel 1 : courbe pleine
    * Channel 2 : courbe en tirets
    * Channel 3 et plus: courbe en pointillé

Un clic sur la couleur ouvre la fenêtre de customisation de la couleur :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image80.png?195x204}}

La couleur peut être changée via l’encart « Change color ». Un changement est automatiquement appliqué sur l’encart « New color » afin de visualiser la future couleur. Un rappel sur la couleur actuelle est présent dans l’encart « Old color ».

Lorsqu’une couleur est changée, toutes lignes du tableau correspondant à la même analyse seront changées afin de garder la même couleur par analyse. Les couleurs sont stockées dans les préférences utilisateurs.

  * Channel : une {{:fujitsu:alphacod:manual:image81.png?20x22}} est présente pour indiquer qu’il s’agit du channel principal.

Un survol d’une ligne du tableau rend la courbe de la __Zone d’affichage graphique__ avec une épaisseur plus importante facilitant sa visualisation :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image82.png?501x209}}

=== Zone de paramètre ===

{{:fujitsu:alphacod:manual:image83.png?481x99}}

  * RT: Affiche/masque les Temps de rétention.
  * Gamme : Affiche/masque les analyses de type « calibration »
  * Quality : Affiche/masque les analyses de type « matrice bio, matrice bio dopée ou standard de fin »
  * Blank : Affiche/masque les analyses de type « Blanc »
  * Peak : Affiche/masque l’intégration du le graphique. Il est possible de choisir sur quel channel on souhaite visualiser l’intégration. Une liste de choix déroulante est présente à côté de la coche « Peak » : {{:fujitsu:alphacod:manual:image84.png?89x25}}.
  * Channels : Affiche/masque les différents channels des analyses sélectionnées.
  * Samples / Others : Permet d’ajouter dans le graphique les courbes des analyses de type « échantillon ou autre » via une liste à choix multiple:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image85.png?171x152}}

Une fois ajouté, une pastille reprenant l’analyse est présente dans le champ Samples / Others :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image86.png?228x43}}

La croix permet de retirer de la sélection l’analyse.

=== Zone d’affichage graphique ===

{{:fujitsu:alphacod:manual:image87.png?475x274}}

Informations affichées : voir Informations affichées, avec quelques différences :

  * Le bouton du menu est toujours affiché et est représenté par : {{:fujitsu:alphacod:manual:image88.png?29x29}}
  * Les couleurs des transitions sont regroupées par analyse. Toutes les transitions d’une même analyse auront la même couleur.
  * Le style de courbe correspond au numéro de channel
    * Channel 1 : {{:fujitsu:alphacod:manual:image89.png?32x42}}
    * Channel 2 : {{:fujitsu:alphacod:manual:image90.png?30x36}}
    * Channel 3 et plus: {{:fujitsu:alphacod:manual:image91.png?30x31}}
  * L’épaisseur de la courbe est plus épaisse si sa correspondance dans Zone d’affichage tabulaire est survolée :
  * Non survolé : {{:fujitsu:alphacod:manual:image92.png?65x31}}
  * Survolé : {{:fujitsu:alphacod:manual:image93.png?71x32}}


====== Widget des messages ======

Le widget des messages permet de visualiser tous les messages (bulles d’information) qui se sont affichés au cours de la session de l’utilisateur.

Le bouton du widget permet de connaitre l’état de la boite aux messages:

  * Lorsque aucun message n’est présent: {{:fujitsu:alphacod:manual:image94.png?39x38}}
  * Lorsque des messages sont présents: {{:fujitsu:alphacod:manual:image95.png?43x39}}
  * Lorsque des messages non lu sont présents (avec le nombre de messages): {{:fujitsu:alphacod:manual:image96.png?51x40}}

Le survol du bouton du widget affiche un tooltip reprenant aux maximum les 10 derniers messages non lus:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image97.png?217x291}}

Un clic sur le bouton du widget ouvre la fenêtre des messages:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image98.png?604x285}}

Cette fenêtre reprend tous les messages et permet de filtrer son affichage.

Elle est composée de 2 parties :

  * La partie filtre qui permet de filtrer les messages à afficher :
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image99.png?37x26}}: Si activé, n’affiche que les nouveaux messages
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image100.png?37x25}} : Si activé, affiche les messages de type « info »
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image101.png?36x25}} : Si activé, affiche les messages de type « success »
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image102.png?37x24}} : Si activé, affiche les messages de type « warning »
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image103.png?37x26}} : Si activé, affiche les messages de type « error »
  * La partie messages:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image104.png?270x71}}

Le pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image105.png?18x19}} indique qu’il s’agit d’un nouveau message.

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image106.png?49x22}} permet de fermer la fenêtre (même fonctionnalité avec la touche Echap). En fermant la fenêtre, tous les messages qui étaient jusque-là « nouveau » ne le seront plus à l’avenir.


====== Widget d’activités ======

Le widget d’activité permet de visualiser toutes les opérations lancées sur la plateforme. Actions système et utilisateur.

Le bouton du widget permet de visualiser combien de tâches sont en cours d’exécution:

  * Lorsque toutes les tâches sont terminées: {{:fujitsu:alphacod:manual:image107.png?33x32}}
  * Lorsque des tâches sont en cours de traitement: {{:fujitsu:alphacod:manual:image108.png?37x33}}

Le survol du bouton du widget affiche un tooltip reprenant toutes les tâches en cours de traitement (avec l’utilisateur qui a lancé la tâche, l’opération exécutée et l’heure de son exécution):

{{:fujitsu:alphacod:manual:image109.png?188x47}}

Un clic sur le bouton du widget ouvre la fenêtre d’activités:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image110.png?476x419}}

A l’ouverture de cette fenêtre, si le nombre de résultat le permet, la vue est automatiquement scrollée jusqu’à l’élément le plus récent. Et en cours de scroll manuel, un bouton qui permet d’atteindre directement l’élément le plus récent apparait : {{:fujitsu:alphacod:manual:image111.png?22x22}}

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image106.png?49x22}} permet de fermer la fenêtre (même fonctionnalité avec la touche Echap).

La fenêtre d’activités est composée de 2 parties :

  * La partie filtre qui permet de filtrer les résultats en fonction des critères sélectionnés :
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image112.png?97x29}} : filtres les activités sur le mois / la semaine courante
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image113.png?202x31}} : Affiche les activités ayant pour date de création les dates comprises entre From et To
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image114.png?92x21}} : Filtres permettant de gérer les résultats affichés en fonction de leurs états (RUNNING / FINISHED / FAILED)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image115.png?97x24}} : Permet d’effectuer un filtre supplémentaire avec pour critères de filtre :
      * Le nom de l’utilisateur qui a lancé la tâche
      * Le nom de l’analyse
      * Le nom de la molécule
      * Le nom du batch
      * L’action (update_batch, retrieve_batches, build_batch, reset_ua, reset_uc, validation, main_chanel, update_peak, istd, copy, move, export_to_lims, update_standard_points, update_interpolation, reset_calibration, update_v_ext, update_dilution, update_weighing)


  * La partie résultats:
Un résultat est représenté comme suit :\\
{{:fujitsu:alphacod:manual:image116.png?582x73}}\\
Sur la partie de gauche on retrouve la date de création de l’action et l’utilisateur qui l’a lancé.\\
Au centre, le statut de l’action :

    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image117.png?32x32}} L’action est en cours d’exécution
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image118.png?32x32}}L’action s’est terminée avec succès
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image119.png?33x33}}L’action s’est terminée avec une erreur


Enfin, la partie de droite, affiche les informations de l’action. Dans le cas d’une erreur, un pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image120.png?21x21}}apparaît et lorsqu’on le survole, un tooltip avec le message de l’erreur s’affiche :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image121.png?199x56}}


====== Widget de recherche ======

Le widget de recherche permet de retrouver une analyse ou un batch de la base de données afin de l’afficher directement sans passer par la navigation classique de l’application.

{{:fujitsu:alphacod:manual:image122.png?179x32}}

La saisie dans la zone de recherche ouvre le panneau de recherche global avec les résultats :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image123.png?372x287}}

  * Chaque ligne de résultat affiche des informations :
    * Une icône permettant de distinguer les analyses {{:fujitsu:alphacod:manual:image124.png?22x22}} des batches {{:fujitsu:alphacod:manual:image125.png?27x21}}
    * Le nom de l’analyse ou du batch
    * La date de création (uniquement pour les batch)
    * Le nom du batch associé (uniquement pour les analyses)
    * Le type de l’analyse ou batch
    * Le path du fichier physique
  * Un clic sur une ligne ouvre directement la page de l’analyse ou le batch.
  * Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image106.png?58x26}} permet de fermer la fenêtre de recherche (même fonctionnalité avec la touche Echap).


====== Menu général ======

Le menu s’ouvre en survolant le bouton de menu {{:fujitsu:alphacod:manual:image126.png?30x30}}. Il n’est pas nécessaire de cliquer dessus. Les options du menu sont:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image127.png?222x245}}

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image128.png?33x32}} Accès direct à la vue principale de l’application, le Backlog (__Vue Backlog__)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image129.png?37x38}}Accès au panneau de préférences utilisateur (__Panneau de préférences utilisateur__)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image130.png?36x36}}Recharger la page courante (différent de F5 qui lui recharge la page web et non juste le contenu de la page)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image131.png?36x36}} Accès au panneau de configuration (__Panneau de configuration__)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image132.png?34x34}}Quitter la session. Pour revenir, il faudra se ré-authentifier (__Page de login__)


====== Panneau de préférences utilisateur ======

{{:fujitsu:alphacod:manual:image133.png?430x329}}

Ce panneau permet de modifier les préférences qui sont stockées et utilisées par le navigateur web et ce malgré une déconnexion.

Il n’apparaît uniquement les valeurs différentes de celles par défaut de l’application.

Seules les valeurs doivent être modifiées avec des valeurs qui doivent être cohérentes sous peine de rendre l’application inutilisable.

⚠ De manière générale, il ne faut pas modifier ces champs sauf si vous savez exactement ce que vous faites.

Une fois la modification effectuée, vous pouvez sauver en cliquant sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image134.png?44x20}} ou annuler en cliquant sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image135.png?54x20}}.

Un clic en dehors de la fenêtre « User preferences » a pour même effet un clic sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image135.png?54x20}}. (Il en est de même pour toutes les fenêtres l’application)

En cas de problème, vous pouvez tout remettre par défauts en cliquant sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image136.png?138x21}}. Toutes les données seront effacées et l’application utilisera les valeurs par défaut.


====== Panneau de configuration ======

{{:fujitsu:alphacod:manual:image137.png?321x418}}

Ce panneau permet de sélectionner certaines configurations de l’application:

  * Le service python à utiliser parmi la liste des services disponibles.
  * La possibilité de voir ou non les analyses avec le flag « unknow molecule ». 
  * Le temps de recharge automatique du panneau d’activité et de la liste des Batches de la __Vue Backlog__.
  * Les 2 couleurs principales de l’application.

Pour sauvegarder les modifications, cliquez sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image138.png?43x20}}. Pour annuler les modification, cliquez sur {{:fujitsu:alphacod:manual:image139.png?63x17}}.

Un bouton permet de remettre les valeurs par défauts : {{:fujitsu:alphacod:manual:image140.png?128x25}}


====== Vue Backlog ======

{{:fujitsu:alphacod:manual:image141.png?525x462}}

La vue Backlog est composée de 2 zones :

  * Une zone de filtres :
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image142.png?85x19}} : Boutons permettant de n’afficher soit que les batch de chromatographie gazeuse (GC) soit les chromatographies liquide (LC). Si aucun bouton n’est sélectionné, les GC et LC sont affichés.
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image143.png?85x22}} : Switch qui permet de passer en mode « uniquement les batch non terminés ». Les batch terminés ayant un score de 100% ne sont donc pas affichés.
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image144.png?41x29}} : Cette liste déroulante permet de sélectionner le type d’appareil sur lequel on souhaite filtrer.
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image145.png?87x22}} : Cette liste déroulante permet d’appliquer rapidement un filtre de date. Les choix sont :
      * Filtrer sur le mois courant
      * Filtrer sur la semaine courante
      * Filtrer sur la veille du jour courant
      * Filtrer sur le jour courant
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image146.png?192x29}}: Ce filtre permet de n’afficher que les Batch ayant une date de création comprise entre From et To. Au maximum, l’écart entre From et To ne peut dépasser 1 mois.
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image147.png?128x58}} Un bouton d’action est présent à côté du titre de la vue :\\
Ce bouton permet de lancer une action qui va récupérer tous les Batch du jour qui n’auraient pas encore été récupérés par les traitements automatiques et donc affichés dans la vue.
  * Une zone de résultats:
    * Les résultats affichés sont les batch correspondants aux filtres ainsi que les sous-batch des batch affichés.
    * Les résultats sont affichés sous forme de tableau par défaut. Un bouton d’actions permet de passer de la vue tableau à la vue arborescente : {{:fujitsu:alphacod:manual:image148.png?40x35}} (le bouton affiche le pictogramme correspondant à la vue active)

Le survol de ce bouton rend visible toutes les options possibles :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image149.png?28x56}}

Vue tableau :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image150.png?506x246}}

Vue arborescente :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image151.png?572x278}}


  * La vue tableau permet d’effectuer un sort sur les colonnes. Pour ce faire, il suffit de cliquer sur le titre de la colonne. Une flèche apparait en transparence lorsqu’on survole le titre pour montrer qu’il est donc possible d’effectuer un tri sur la colonne.
  * Chaque batch affiche des informations :

    * Les flags du bach : {{:fujitsu:alphacod:manual:image152.png?24x24}} En survolant le pictogramme, un tooltip affiche le détail des flags du batch\\
{{:fujitsu:alphacod:manual:image153.png?312x66}}
Dans le cas d’un flag de question {{:fujitsu:alphacod:manual:image31.png?22x25}}, le détail de la question s’affiche dans le tooltip :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image154.png?265x78}}
    * Le nom du batch
    * Les notes
    * Le patch du fichier physique (vue tableau)
    * La date de création « Batch Date » (vue tableau)
    * La date de résolution attendu « Due Date » (vue tableau)
    * La machine utilisée (vue tableau)
    * La priorité. Editable via un menu déroulant à 2 options, Normal et Urgent :


{{:fujitsu:alphacod:manual:image155.png?70x70}}


    * Le dernier utilisateur ayant travaillé sur le batch. En survolant cette information, un tooltip s’affiche présentant au maximum les 10 dernières modifications sur le batch :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image156.png?127x211}}
    * L’avancement du batch sous forme de barre de progression : {{:fujitsu:alphacod:manual:image157.png?91x17}}\\
Un tooltip permet de visualiser le détail de l’avancement pour les calibrations et les analyses :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image158.png?91x38}}
    * Boutons d’actions :

      * {{:fujitsu:alphacod:manual:image159.png?28x22}} : Création d’un sous batch.\\
La création d’un sous batch se fait en renseignant le nom souhaité pour le futur sous-batch dans le champ « Name » :


{{:fujitsu:alphacod:manual:image160.png?367x135}}

{{:fujitsu:alphacod:manual:image161.png?63x19}} : Annule la création du sous-batch.\\
{{:fujitsu:alphacod:manual:image162.png?44x16}} : Effectue la création du sous-batch avec le nom spécifié.


      * {{:fujitsu:alphacod:manual:image163.png?20x21}} : Mise à jour du batch permettant de récupérer tous les échantillons qui auraient été ajoutés après l’analyse automatique :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image164.png?271x212}}\\
Une fenêtre de paramétrage apparait permettant de choisir le mode que l’on souhaite utiliser pour cette update : Replace (valeur par défaut) et Update.
Dans le cas d’un Replace, il est possible de choisir le fichier de screening à utiliser parmi la liste proposée. Par défaut cette liste propose les 4 derniers fichiers de screening produits {{:fujitsu:alphacod:manual:image165.png?62x18}} mais il est possible de voir tous les fichier de screening en changeant le filtre : {{:fujitsu:alphacod:manual:image166.png?45x15}}.
{{:fujitsu:alphacod:manual:image167.png?64x17}} : Annule l’update du batch
{{:fujitsu:alphacod:manual:image168.png?38x20}} : lance l’update du batch avec les paramètre choisis
⚠ Cette option n’est disponible que pour les batches normaux (non sous-batch et non training batch)

  * Un clic sur un batch permet d’ouvrir ce batch via la __Vue Batch__.


====== Panneau de navigation ======

^{{:fujitsu:alphacod:manual:image169.png?180x716}}^{{:fujitsu:alphacod:manual:image170.png?41x715}}^
|Navigation normale                                                      |Navigation minimisée                                                   |

Le panneau de navigation permet de naviguer entre les différentes vues de l’application. Ce panneau est visible depuis les vues Batch, Analyse et Composé et toujours positionné sur la gauche de l’interface.

  * Backlog: Revenir sur la Vue Backlog
  * Batch : Revenir sur la précédente Vue Batch
  * Analyses : Afficher l’analyse sélectionnée via la Vue Analyse

Les analyses sont représentées par le pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image171.png?19x18}}.

Elles sont affichées par ordre d’injection.

Chaque analyse est affichée avec son type représenté en fin de bouton : {{:fujitsu:alphacod:manual:image172.png?24x15}}. Ils sont affichés sous forme de pastille sur le pictogramme en navigation minimisée : {{:fujitsu:alphacod:manual:image173.png?28x17}}.

Liste des différents types :

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image174.png?23x18}} : Blanc
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image175.png?24x17}} : Calibration (standard)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image176.png?24x17}} : Matrice bio
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image177.png?29x18}} : Matrice bio dopée
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image178.png?23x18}} : Echantillon
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image172.png?24x15}} : Standard de fin
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image179.png?24x18}} : Autre

Les analyses de type échantillon affichent une bulle d’information lorsqu’on les survole afin de connaitre la matrice dont il s’agit sans avoir à ouvrir l’analyse:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image180.png?148x57}}

Les autres analyses ont une bulle d’information affichant le nom du fichier complet :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image181.png?164x66}}

Lorsqu’une analyse est ouverte, sa représentation dans la liste de navigation est affichée avec un fond particulier afin de la rendre visible parmi les autres. La liste est automatiquement scrollée dessus afin qu’elle soit toujours visible :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image182.png?211x33}}

  * Compounds : Afficher le composé sélectionné via la [[#vue-composé|__Vue Composé__]]

Les composés sont représentés par le pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image183.png?19x18}}.

Ils sont affichés par ordre alphabétique.

En navigation minimisée, les 3 premiers caractères du composés sont affichés sous forme de pastille sur le pictogramme : {{:fujitsu:alphacod:manual:image184.png?33x24}}

Les composés affichent une bulle d’information lorsqu’on les survole afin de visualiser son nom en entier dans le cas où il est très long :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image185.png?138x67}}

Lorsqu’un composé est ouvert, sa représentation dans la liste de navigation est affichée avec un fond particulier afin de le rendre visible parmi les autres. La liste est automatiquement scrollée dessus afin qu’il soit toujours visible :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image186.png?203x31}}

  * Customisation :
    * Pin le panneau de navigation :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image187.png?27x28}} : Le panneau de navigation reste toujours visible.

{{:fujitsu:alphacod:manual:image188.png?23x25}} : Le panneau de navigation se masque automatiquement et réapparaît lorsqu’on survole sa vue minimisée.

  * Modifier la proportion d’affichage entre analyses et composés :
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image189.png?233x27}} : Ce séparateur permet de modifier la répartition d’affichage entre le nombre d’analyses et de composés affichés en le déplaçant vers le haut ou le bas.

  * Recherche : Les analyses et les composés peuvent être filtrés par le composant de recherche associé :

En cliquant sur le bouton de recherche {{:fujitsu:alphacod:manual:image190.png?25x24}}une zone textuelle apparaît afin de renseigner le filtre\\
souhaité : {{:fujitsu:alphacod:manual:image191.png?114x27}}


====== Vue Batch ======

{{:fujitsu:alphacod:manual:image192.png?604x320}}

Vue globale

{{:fujitsu:alphacod:manual:image192.png?604x320}}

Vue détaillée

La vue est découpée en 6 zones :

  - Navigation (voir __Panneau de navigation__)
  - Panneau Information
  - Panneau Calibration
  - Panneau Quality Control
  - Panneau Customer Samples
  - Panneau Others

Lorsque le séparateur entre 2 panneaux est présent et représenté par {{:fujitsu:alphacod:manual:image75.png?16x13}}, il est alors possible de modifier les proportions d’affichage entre eux. En survolant le séparateur, l’indicateur passe à {{:fujitsu:alphacod:manual:image76.png?24x13}} indiquant que vous pouvez cliquer et déplacer le séparateur.

===== Panneau Information =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image193.png?604x29}}

Le panneau information présente les informations importantes du batch :

  * Le nom du batch: ici Shim 29_02-11-20 soir
  * La priorité : ici Normal
  * La date de résolution attendue : ici le 3/11/20
  * Les notes du batch (voir __Notes__)
  * La progression de la calibration : ici 1.1%
  * La progression des analyses : ici 1.0%
  * Le dernier opérateur ayant travaillé sur le batch : ici hp (2 premières lettres du nom)

Le panneau peut se réduire afin d’augmenter la zone d’affichage pour les autres panneaux. En survolant le panneau, une coche apparaît :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image194.png?85x32}}

En cliquant dessus, la coche s’inverse et le panneau se rétracte :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image195.png?560x29}}

En mode rétracté, la coche est toujours visible.

===== Panneau Calibration =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image196.png?604x154}}

Le panneau Calibration se compose de 2 sous panneaux :

  * Une table : affiche tous les composés de calibration
  * Un graphique : affiche la courbe de calibration du composé de la table sélectionnée.

Le délimiteur entre les deux sous panneau peut être déplacé verticalement afin d’augmenter ou réduire la taille des 2 sous panneaux



==== Sous panneau table ====

Les composés de calibration sont affichés dans un tableau filtré. On retrouve donc une partie liée aux filtres et une liée aux résultats.

=== Filtres ===

{{:fujitsu:alphacod:manual:image197.png?512x30}}

La calibration propose 3 types de filtres :

  * Les filtres sur l’état du composé:
    * ISTD : Internal standard
    * OK : calibration correcte
    * KO : calibration non correcte
  * Les filtres sur la validation:
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image198.png?24x23}} : composés pas encore validés
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image199.png?25x20}} : composés validés en OK
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image200.png?20x21}} : composés validés en KO
  * Les filtres sur la recherche:

La recherche porte sur les valeurs affichées dans les colonnes de la table [[#résultats|__Résultats__]]. Lorsqu’une saisie est présente dans le champ de recherche, une croix apparait permettant de supprimer cette saisie de recherche et retirer le filtre appliqué par celle-ci au tableau :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image201.png?200x27}}

Sur chaque filtre une pastille comportant le nombre d’éléments correspondant à ce filtre est présente : {{:fujitsu:alphacod:manual:image202.png?30x23}}

Dans le cas où il n’y a aucun élément, la pastille ne s’affiche pas.

=== Résultats ===

{{:fujitsu:alphacod:manual:image203.png?604x199}}

Le tableau de résultat contient des colonnes triables, la sélection multiple et la customisation comme expliqué en __3.3__.

Un clic sur une ligne du tableau permet d’afficher le graphe de calibration du composé dans le __Sous panneau graphique__ (le texte {{:fujitsu:alphacod:manual:image204.png?72x26}} est affiché si aucune sélection), la ligne passe ainsi avec un fond coloré permettant de repérer quel ligne du tableau correspond au graphe affiché.

Un double clic sur une ligne permet d’ouvrir le composé dans sa [[#vue-composé|__Vue Composé__]].

Détails des colonnes spécifiques :

  * Sélection (voir __Tables__):
  * Notes (voir __Notes__)
  * Choix de multi-sélection possible: {{:fujitsu:alphacod:manual:image22.png?43x23}} Validation OK / Validation KO
  * Flags (voir __Flags__)
  * Modified (voir __Modification__)
  * Validation (voir __Validation__) : Choix possible de validation : {{:fujitsu:alphacod:manual:image205.png?25x23}}validation en OK, {{:fujitsu:alphacod:manual:image206.png?22x18}}validation en KO.
  * ISTD : Possibilité de choisir //l’internal standard// du composé via une liste déroulante :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image207.png?90x403}}

L’ISTD courant est affiché sur fond gris.

==== Sous panneau graphique ====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image208.png?278x308}}

Si un composé a été cliqué au préalable, sa courbe de calibration est affichée comme ci-dessus. Cette vue est composée de 2 parties, une partie paramétrage et une partie graphique de représentation.

=== Paramétrage ===

{{:fujitsu:alphacod:manual:image209.png?329x46}}

Il est possible de modifier certains paramètres de la calibration, mais aussi la visualisation représentée :

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image210.png?63x43}} : Permet de choisir le channel de la calibration que l’on souhaite visualiser.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image211.png?88x43}} : Permet de changer l’aspect de la courbe en changeant le type de son interpolation parmi //Linear// ou //Quadratic.//
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image212.png?64x44}} : Permet de changer la fonction utilisée pour le calcul de la pesée parmi //1//, //1/C// ou //1/C².//
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image213.png?75x42}} : Permet de changer la gestion du point zéro parmi //Ignored//, //Included// ou //Force through//.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image214.png?29x26}} : Permet de remettre les valeurs par défaut.

=== Visualisation ===

{{:fujitsu:alphacod:manual:image215.png?270x267}}

Certaines informations sont affichées sur le graphique:

  * Q : la transition
  * R² : la valeur du coefficient de détermination R²
  * y : la fonction d’interpolation
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image216.png?25x23}} : le flag de la calibration (voir __Flags__)

Un clic droit sur la partie graphique affiche un contexte menu permettant d’inclure ou d’exclure les points de gammes :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image217.png?107x64}}

Après la sélection de l’inclusion ou l’exclusion, les points de gamme candidats à l’action choisie s’affichent :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image218.png?99x85}}{{:fujitsu:alphacod:manual:image219.png?111x122}}

Un point inclus est affiché par : {{:fujitsu:alphacod:manual:image220.png?14x11}}

Un point exclu est affiché par : {{:fujitsu:alphacod:manual:image221.png?13x11}}

Un survol des points affiche une bulle présentant les coordonnées du point : {{:fujitsu:alphacod:manual:image222.png?105x23}}

Lorsqu’un point de référence est présent il est affiché par un cercle rouge : {{:fujitsu:alphacod:manual:image223.png?12x13}}. Sa correspondance sur les 2 axes est dessinée :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image224.png?389x220}}

Il est possible de zoomer dans le graphique ainsi que se déplacer. Pour zoomer : Ctrl + Molette souris et pour se déplacer : Maintenir clic gauche et se déplacer.

Lorsqu’un zoom ou un déplacement a été effectué, un bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image225.png?25x23}}apparait permettant de revenir à la position et zoom par défaut.

===== Panneau Quality Control =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image226.png?354x209}}

Le tableau Quality Control affiche les analyses de type « Quality control » (Blanc, matrice bio, matrice bio dopée, standard de fin et calibration). Il contient des colonnes triables, la sélection multiple et la customisation comme expliqué en __3.3__.

Un clic sur une ligne du tableau permet d’ouvrir l’analyse cliquée dans sa [[#vue-analyse|__Vue Analyse__]].

Détails des colonnes spécifiques :

  * Sélection (voir __Tables__):

Choix de multi-sélection possible: {{:fujitsu:alphacod:manual:image227.png?33x32}} Déplace la sélection vers le __Panneau Others__ (le type des analyses se voit ainsi modifié).

Un clic sur ce bouton ouvre une fenêtre de confirmation avant d’effectuer l’opération de déplacement :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image228.png?222x145}}

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image229.png?46x16}} effectuera le déplacement et le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image230.png?60x18}} annulera l’action de déplacement.

  * Flags (voir __Flags__)
  * Notes (voir __Notes__)
  * Modified (voir __Modification__)
  * Progression : Pourcentage d’avancement des validations. En survolant le composant de progression, une bulle informative apparaît détaillant la progression :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image231.png?100x47}}

===== Panneau Customer Samples =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image232.png?604x250}}

Le tableau Customer Samples affiche les analyses de type « Echantillon ». Il contient des colonnes triables, la sélection multiple et la customisation comme expliqué en __3.3__.

Un clic sur une ligne du tableau permet d’ouvrir l’analyse cliquée dans sa [[#vue-analyse|__Vue Analyse__]].

Détails des colonnes spécifiques :

  * Sélection (voir __Tables__):

Choix de multi-sélection possible: {{:fujitsu:alphacod:manual:image233.png?72x27}}

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image234.png?27x21}} : Déplace ou copie la sélection vers un nouveau sous-batch (le type des analyses se voit ainsi modifié).

Un clic sur ce bouton ouvre une fenêtre de paramétrage avant d’effectuer l’opération de copie ou de déplacement :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image235.png?151x150}}

Pour choisir entre le mode copie ou déplacement, cliquez sur le composant d’état Move/Copy. Le mode sélectionné est affiché en couleur, l’autre reste gris.

Le champs « Sub-batch name » permet de définir le nom du futur sous batch. Ce champ est obligatoire et déverrouille le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image236.png?63x21}}. Tant que le champ est vide, le bouton reste désactivé.

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image236.png?63x21}} effectuera la copie ou le déplacement et le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image230.png?60x18}} annulera l’action.

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image237.png?25x15}} : Déplace ou copie la sélection vers un sous-batch existant batch (le type des analyses se voit ainsi modifié pour un déplacement).

Un clic sur ce bouton ouvre une fenêtre de paramétrage avant d’effectuer l’opération de copie ou de déplacement :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image238.png?123x144}}

Pour choisir entre le mode copie ou déplacement, cliquez sur le composant d’état Move/Copy. Le mode sélectionné est affiché en couleur, l’autre reste gris.

La liste déroulante « Batch » permet de choisir le sous batch vers lequel faire la copie ou le déplacement. Les choix proposés correspondent à des sous-batch existant et ayant comme batch parent le batch d’où découlent les analyses sélectionnées. Ce champ est obligatoire et déverrouille le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image236.png?63x21}}. Tant que le champ est vide, le bouton reste désactivé.

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image236.png?63x21}} effectuera la copie ou le déplacement et le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image230.png?60x18}} annulera l’action.

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image239.png?25x22}} : Exporte vers le LIMS.

Un clic sur ce bouton ouvre une fenêtre de confirmation avant d’effectuer l’opération d’envoi au LIMS:

{{:fujitsu:alphacod:manual:image240.png?476x251}}

Cette fenêtre présente pour chaque analyse sélectionnée les informations de poids, de concentration, de dilution, de v_ext, de progression et d’information supplémentaires (Package {{:fujitsu:alphacod:manual:image241.png?21x19}} et Remarques {{:fujitsu:alphacod:manual:image242.png?25x22}}).

Package et Remarques s’affichent en survolant le pictogramme, une bulle de détail apparaît alors :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image243.png?175x117}}

Un bouton d’extension {{:fujitsu:alphacod:manual:image244.png?17x21}} permet de déplier la ligne analyse et affiche la liste de tous les composés de l’analyses et leurs molécules sommes associées qui seront envoyés au LIMS.

Pour chaque composé, est affiché ses flags (voir __Flags__), son nom, son évènement, son état, sa concentration et s’il a déjà été envoyé.

Au niveau de l’Analysis, un pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image245.png?19x17}}est présent lorsque toutes les validations de l’analyses ne sont pas faites. Un tooltip permet de vérifier l’état des validations :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image246.png?164x75}}

Ce pictogramme est repris sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image247.png?65x27}}.

Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image248.png?60x15}} effectuera l’envoi au LIMS et le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image230.png?60x18}} annulera.

  * Flags (voir __Flags__)
  * Notes (voir __Notes__)
  * Modified (voir __Modification__)
  * Progression : Pourcentage d’avancement des validations. En survolant le composant de progression, une bulle informative apparaît détaillant la progression :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image249.png?109x63}}

===== Panneau Others =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image250.png?328x182}}

Le tableau Others affiche les analyses de type « Autre » (non Blanc, non matrice bio, non matrice bio dopée, non standard de fin, non calibration et non échantillon). Il contient des colonnes triables, la sélection multiple et la customisation comme expliqué en __3.3__.

Un clic sur une ligne du tableau permet d’ouvrir l’analyse cliquée dans sa [[#vue-analyse|__Vue Analyse__]].

Détails des colonnes spécifiques :

  * Sélection (voir __Tables__) :

Choix de multi-sélection possible: {{:fujitsu:alphacod:manual:image227.png?33x32}} Déplace la sélection vers le __Panneau Quality Control__ ou le __Panneau Customer Samples__ (le type des analyses se voit ainsi modifié).

Un clic sur ce bouton ouvre une fenêtre de confirmation avant d’effectuer l’opération de déplacement :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image251.png?369x214}}

Pour chaque analyse, il convient de sélectionner son nouveau type, ce qui impactera du panel de destination. Une liste déroulante « Type » permet de choisir ce nouveau type :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image252.png?122x181}}

En fonction du type sélectionné, une seconde information peut être demandée (voir une troisième) suivant le schéma :

  * Blank: rien
  * Calibration: {{:fujitsu:alphacod:manual:image253.png?114x27}} (valeur par défaut récupérée dans le nom de l’analyse)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image254.png?65x32}}(Choix du suffixe à appliquer sur la calibration parmi les choix : default / inst / gc4 / gc500 / po)
  * Matrix Bio: rien
  * Matrix Bio Doped: {{:fujitsu:alphacod:manual:image255.png?118x29}} (valeur par défaut: 100)
  * Sample : {{:fujitsu:alphacod:manual:image256.png?112x26}}
  * Std End : {{:fujitsu:alphacod:manual:image257.png?130x29}} (valeur par défaut : 10)

Cette information est obligatoire et verrouille l’activation du bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image229.png?46x16}}.

Ce bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image229.png?46x16}} effectuera le déplacement et le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image230.png?60x18}} annulera l’action de déplacement.


  * Visibility : Un bouton permet de rendre visible ou non dans l’application les analyses classifiées en Others.
{{:fujitsu:alphacod:manual:image258.png?23x17}} : L’analyse est visible (par défaut)
{{:fujitsu:alphacod:manual:image259.png?28x25}} : L’analyse n’est plus visible

  * Flags (voir __Flags__)
  * Notes (voir __Notes__)

  * Modified (voir __Modification__)
  * Progression : Pourcentage d’avancement des validations. En survolant le composant de progression, une bulle informative apparaît détaillant la progression :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image260.png?96x81}}


====== Vue Analyse ======

{{:fujitsu:alphacod:manual:image261.png?604x317}}

Vue globale

{{:fujitsu:alphacod:manual:image261.png?604x317}}

Vue détaillée

La vue est découpée en 5 zones :

  - Navigation (voir __Panneau de navigation__)
  - __Panneau Information__
  - __Panneau Table de composés__
  - __Panneau Chromatogrammes de composés__
  - __Panneau Calibration__

Lorsque le séparateur entre 2 panneau est présent et représenté par {{:fujitsu:alphacod:manual:image75.png?16x13}}, il est alors possible de modifier les proportion d’affichage entre eux. En survolant le séparateur, l’indicateur passe à {{:fujitsu:alphacod:manual:image76.png?24x13}} indiquant que vous pouvez cliquer et déplacer le séparateur.

===== Panneau Information =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image262.png?691x38}}

Le panneau information présente les informations importantes de l’analyse. Sur la première ligne du haut :


  * Le nom du batch: ici Shim 29_02-11-20 soir
  * Le nom de l’analyse : ici 187071
  * Le nom du rapport : ici R20187071_V0
  * La matrice : ici Pommes
  * Le MOC : ici MOC3407_C
  * La valeur de v_ext : ici 10
  * La valeur de dilution : ici 1
  * La valeur de pesée : ici 9.97
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image263.png?29x25}} : les notes de l’analyse (voir __Notes__)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image264.png?23x21}} : Ce bouton permet d’ouvrir la page du LIMS correspondante (non visible si la page n’existe pas)
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image265.png?20x23}} : Ce bouton permet de télécharger l’audit trail.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image266.png?23x23}}: Le survol de ce pictogramme affiche une bulle contenant les informations de Package :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image267.png?171x106}}
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image268.png?30x24}} : Le survol de ce pictogramme affiche une bulle contenant les remarques.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image269.png?29x23}} : Ce pictogramme est coloré marron pour indiquer que l’échantillon est de la nourriture animale, sinon il est gris transparent.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image270.png?25x23}} : Ce pictogramme est coloré violet pour indiquer que l’échantillon est de la nourriture pour bébé, sinon il est gris transparent.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image271.png?24x25}} : Ce pictogramme est coloré en vert pour indiquer que l’échantillon est bio, sinon il est gris transparent.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image272.png?42x42}} : Progression des validations de l’analyse.

Sur la seconde ligne, on retrouve les flags remontés sur l’analyse : {{:fujitsu:alphacod:manual:image273.png?169x30}} ainsi que les filtres qui s’appliquent sur le __Panneau Table de composés__ et sur le __Panneau Chromatogrammes de composés__.

Pour les flags, en survolant l’étiquette du flag, une bulle d’information apparait avec le détail du flag :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image274.png?206x242}}

La vue analyse propose 4 type de filtres :

  * Les filtres globaux aux composés qui peuvent être affichés : {{:fujitsu:alphacod:manual:image275.png?99x29}}(__Filtres globaux__)
  * Les filtres sur l’état du compose:
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image276.png?24x23}} : ISTD (=Internal standard)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image277.png?27x24}} OK (uniquement pour les composés de type autre que « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image278.png?27x23}} KO (uniquement pour les composés de type autre que « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image279.png?24x22}} Detected (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image280.png?25x22}} Suspected (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image281.png?22x22}} Excluded (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
  * Les filtres divers:
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image282.png?21x21}} : Composés qui ont été demandés par le client
  * Les filtres sur la validation :
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image198.png?24x23}}: Composés pas encore validés
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image199.png?25x20}}: Composés validés en OK (uniquement pour les composés de type autre que « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image200.png?20x21}}: Composés validés en KO (uniquement pour les composés de type autre que « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image283.png?27x22}} : Composés validés en Detected (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image284.png?24x21}} : Composés validés en Not Detected (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image285.png?23x19}} : Composés validés en Relance (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
  * Les filtres sur la recherche:

La recherche porte sur les valeurs affichées dans les colonnes de la table __Panneau Table de composés__. L’application de ce filtre « recherche » est aussi effectuée sur le __Panneau Chromatogrammes de composés__. Lorsqu’une saisie est présente dans le champ de recherche, une croix apparaît permettant de supprimer cette saisie de recherche et retirer le filtre appliqué par celle-ci au tableau :

Sur les filtres d’état, de validation et divers, une bulle est affichée dessus pour indiquer le nombre d’éléments correspondant au filtre : {{:fujitsu:alphacod:manual:image202.png?30x23}}.

Lorsqu’un filtre est activé, son thème change passant du gris à la couleur secondaire choisie (par défaut, orange) :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image286.png?79x26}}{{:fujitsu:alphacod:manual:image287.png?32x24}}{{:fujitsu:alphacod:manual:image288.png?37x25}}

Le panneau d’information peut se réduire afin d’augmenter la zone d’affichage pour les autres panneaux. En survolant le panneau, une coche apparaît :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image194.png?85x32}}

En cliquant dessus, la coche s’inverse et le panneau se rétracte :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image195.png?627x32}}

En mode rétracté, la coche est toujours visible.

==== Filtres globaux ====

Les filtres globaux permettent de préfiltrer les molécules qui s’affichent en sélectionnant uniquement les molécules que l’on souhaite visualiser. Il existe deux type de filtres, les filtres GC et les filtres LC. Le choix de ce type est automatique et effectué lors de la création du filtre. Si un filtre est créé depuis une analyse chargée de type GC, il sera de type GC. S’il est créé depuis une analyse chargée de type LC, il sera de type LC.

Par défaut, aucun filtre global n’est sélectionné : {{:fujitsu:alphacod:manual:image289.png?63x19}}

En cliquant dessus, le menu des filtres globaux s’affiche :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image290.png?172x120}}

Ce menu est composé d’une liste de filtres qui commence toujours par le filtre par défaut « None ». Aucune restriction des molécules n’est appliquée.

Ensuite sont présents les filtres globaux. En fonction du type de l’appareil de l’analyse chargée (GC/LC), les filtres qui s’afficherons dans le menu seront soit de type LC soit de type GC.

Pour chaque filtre global, plusieurs informations sont présentes :

  * Le nom du filtre
  * Le nombre de molécules contenues dans le filtre : {{:fujitsu:alphacod:manual:image291.png?22x12}}
  En survolant le nombre de molécules, une bulle d’information apparait avec la liste des molécules contenues dans le filtre :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image292.png?188x243}}

Les molécules de type ISTD sont représenté avec un badge {{:fujitsu:alphacod:manual:image293.png?24x14}}.
  * Un bouton d’édition : {{:fujitsu:alphacod:manual:image294.png?16x15}} (__Edition__)
  * Un bouton de suppression : {{:fujitsu:alphacod:manual:image295.png?11x13}} (__Suppression__)

Le menu contient un bouton de création présent en bas de la liste des filtres : {{:fujitsu:alphacod:manual:image296.png?20x16}} . Il permet de créer un nouveau filtre global. (__Création__)

=== Création ===

En cliquant sur le bouton de création {{:fujitsu:alphacod:manual:image296.png?15x13}}, la fenêtre de création de filtre global s’ouvre :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image297.png?418x310}}

La fenêtre de création est composée d’un champs éditable obligatoire permettant de renseigner le titre du filtre :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image298.png?441x34}}

Les filtres étant partagés entre tous utilisateurs, le champ pour le titre bloque la création d’un filtre portant déjà le nom entré dans le champ. Un message s’affiche :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image299.png?181x48}}

Si ce champs est vide, la création du filtre n’est pas possible, le bouton de sauvegarde est désactivé : {{:fujitsu:alphacod:manual:image300.png?31x14}}.

Sur la partie gauche est présente la liste des molécules disponibles pour ajouter dans le filtre :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image301.png?217x206}}

Par défaut, toutes les molécules de type ISTD sont présélectionnées afin de les ajouter directement au filtre. Elles sont représenté via le badge {{:fujitsu:alphacod:manual:image302.png?20x14}}.

Une zone de recherche permet d’entrer le nom d’une molécule recherchée afin de construire le filtre plus facilement :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image303.png?186x57}}

Au centre est présent 2 boutons permettant de faire passer une sélection d’une liste à une autre afin d’ajouter ou retirer des molécules du filtre :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image304.png?39x19}} Ajoute des molécules disponibles au filtre

{{:fujitsu:alphacod:manual:image1.png}} Retire des molécules du filtres vers la liste des disponibles

Sur la partie droite est présente la liste des molécules qui seront dans le filtre :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image305.png?233x226}}

Il est obligatoire d’ajouter des molécules dans cette liste pour créer un filtre.

Les molécules de type ISTD sont présélectionnées afin de les ajouter directement au filtre. Elles sont représenté via le badge {{:fujitsu:alphacod:manual:image302.png?20x14}}.

Une zone de recherche permet d’entrer le nom d’une molécule recherchée afin de construire le filtre plus facilement :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image306.png?228x111}}

⚠ L’affichage de la liste filtrée par une recherche ne constitue pas la liste qui sera sauvegardé dans le filtre.

Si aucune molécule n’est présente dans la liste de gauche {{:fujitsu:alphacod:manual:image307.png?102x34}}, la création du filtre n’est pas possible et le bouton de sauvegarde est désactivé : {{:fujitsu:alphacod:manual:image300.png?31x14}}.

Si un nom est renseigné et que le liste du filtre contient des molécules, alors le bouton de sauvegarde est activé :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image308.png?33x14}}. En cliquant dessus, le filtre est sauvegardé. Le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image309.png?42x12}} permet d’annuler la création du filtre et ferme la fenêtre de création.

=== Edition ===

En cliquant sur le bouton d’édition {{:fujitsu:alphacod:manual:image294.png?16x15}}, la fenêtre d’édition du filtre global s’ouvre :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image310.png?412x312}}

Il s’agit de la même vue que pour la création. (voir __Création__)

Cependant, à l’ouverture, le nom du filtre est automatiquement renseigné dans la zone allouée à cet effet et la liste des molécules du filtre est remplie par les molécules contenues dans le filtre.

Le bouton de validation de l’édition est {{:fujitsu:alphacod:manual:image311.png?42x14}}

=== Suppression ===

En cliquant sur le bouton de suppression {{:fujitsu:alphacod:manual:image295.png?11x13}}, un message de confirmation s’ouvre :

 {{:fujitsu:alphacod:manual:image312.png?212x109}}

{{:fujitsu:alphacod:manual:image313.png?46x15}} : Supprime le filtre définitivement et ce pour tous les utilisateurs

{{:fujitsu:alphacod:manual:image314.png?51x16}} : Annule la suppression.

===== Panneau Table de composés =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image315.png?604x146}}

Le tableau de résultat contient des colonnes triables, la sélection multiple et la customisation comme expliqué en __3.3__.

Un clic sur une ligne du tableau permet d’afficher le graphe de calibration du composé dans le __Panneau Calibration__ (le texte {{:fujitsu:alphacod:manual:image204.png?72x26}} est affiché si aucune sélection, ou {{:fujitsu:alphacod:manual:image316.png?71x23}} si la sélection est un ISTD), la ligne passe ainsi avec un fond coloré permettant de repérer quel ligne du tableau correspond au graphe affiché. Le __Panneau Chromatogrammes de composés__ scroll automatiquement pour visualiser le chromatogramme associé.

Un double clic sur une ligne permet d’ouvrir le composé dans sa [[#vue-composé|__Vue Composé__]].

Certaines valeurs du tableau peuvent être affichées en couleur. Cela veut dire que de l’information supplémentaire est visible. La couleur définit le niveau du message (Info, Warning, Error). En survolant la valeur, une bulle de détail s’affiche :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image317.png?276x78}}

Détails des colonnes spécifiques :


  * Sélection (voir __Tables__):

    * Choix de multi-sélection possible si l’analyse est de type autre que « échantillon » ou « autre » :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image318.png?77x29}} : Validation OK / Validation KO / Validation relance.
    * Choix de multi-sélection possible si l’analyse est de type « échantillon » ou « autre » :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image319.png?76x28}} : Validation Detected / Validation Not Detected / Validation relance.

  * Flags (voir __Flags__)
  * Req : le pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image320.png?24x20}} indique que le composé est demandé par le client
  * Modified (voir __Modification__)
  * Validation (voir __Validation__) :

    * Choix possible de validation si l’analyse est de type autre que « échantillon » ou « autre » :
{{:fujitsu:alphacod:manual:image205.png?25x23}}validation en OK, {{:fujitsu:alphacod:manual:image206.png?22x18}}validation en KO, {{:fujitsu:alphacod:manual:image321.png?25x21}} validation en relance.
    * Choix possible de validation si l’analyse est de type « échantillon » ou « autre » :


{{:fujitsu:alphacod:manual:image322.png?25x22}} validation en detected, {{:fujitsu:alphacod:manual:image323.png?20x20}} validation en not detected, {{:fujitsu:alphacod:manual:image321.png?25x21}} validation en relance.

  * M/Z : Possibilité de choisir la transition (channel principal) du composé via une liste déroulante :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image324.png?100x94}}

La transition courante est affichée sur fond gris.

  * Actions : le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image325.png?23x22}} affiche une fenêtre qui permet de modifier tous les paramètres du composé via des champs éditables :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image326.png?223x354}}

Une fois les modifications effectuées, vous pouvez sauver en cliquant sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image134.png?44x20}} ou annuler en cliquant sur le bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image135.png?54x20}}.

===== Panneau Chromatogrammes de composés =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image327.png?584x226}}

Le panneau de chromatogrammes est une vue différente des composés affichés dans le __Panneau Table de composés__. Elle affiche pour chaque composé la courbe de temps de rétention détectée sous forme d’une grille.

Un clic sur un chromatogramme permet d’afficher le graphe de calibration du composé dans le __Panneau Calibration__ (le texte {{:fujitsu:alphacod:manual:image204.png?72x26}} est affiché si aucune sélection, ou {{:fujitsu:alphacod:manual:image316.png?71x23}} si la sélection est un ISTD), le chromatogramme passe ainsi avec un fond coloré permettant de repérer quel chromatogramme correspond au graphe de calibration affiché. Le __Panneau Table de composés__ scroll automatiquement sur la ligne du composé associé correspondant.

Un double clic sur un chromatogramme permet d’ouvrir le composé dans sa [[#vue-composé|__Vue Composé__]].

Le curseur sur la gauche permet de modifier la taille des tuiles de la grille :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image328.png?281x189}} {{:fujitsu:alphacod:manual:image329.png?220x134}}

Pour le détail des chromatogrammes, voir le chapitre __Chromatogramme__.

===== Panneau Calibration =====

Pour le détail de la calibration, voir le chapitre __Sous panneau graphique__.


====== Vue Composé ======

{{:fujitsu:alphacod:manual:image330.png?588x309}}

Vue normale

{{:fujitsu:alphacod:manual:image331.png?604x317}}

Vue détaillée

La vue est découpée en 5 zones :

  - Navigation (voir __Panneau de navigation__)
  - __Panneau information__
  - [[#panneau-table-danalyses|__Panneau Table d’analyses__]]
  - [[#panneau-chromatogrammes-danalyses|__Panneau Chromatogrammes d’analyses__]]
  - __Panneau Calibration__

Lorsque le séparateur entre 2 panneaux est présent et représenté par {{:fujitsu:alphacod:manual:image75.png?16x13}}, il est alors possible de modifier les proportions d’affichage entre eux. En survolant le séparateur, l’indicateur passe à {{:fujitsu:alphacod:manual:image76.png?24x13}} indiquant que vous pouvez cliquer et déplacer le séparateur.

===== Panneau information =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image332.png?622x36}}

Le panneau information présente les informations importantes de l’analyse. Sur la première ligne du haut :

  * Le nom du batch: ici Shim 29_02-11-20 soir
  * Le nom du composé: ici 2.4-D
  * Le numéro de l’event : ici 423
  * Le temps de rétention du screening : ici 3.637
  * Le nom de l’ISTD : ici 2.4-D D3. Le nom s’affiche dans une liste déroulante permettant de changer l’ISTD.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image333.png?25x22}} : Ce bouton permet d’accéder directement à la page de l’ISTD dans la [[#vue-composé|__Vue Composé__]]

Sur la seconde ligne, on retrouve les filtres appliqués au [[#panneau-table-danalyses|__Panneau Table d’analyses__]] et au [[#panneau-chromatogrammes-danalyses|__Panneau Chromatogrammes d’analyses__]] :

  * Principaux filtres :
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image282.png?21x21}} : Composés qui ont été demandés par le client
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image198.png?24x23}}: Composés pas encore validés
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image199.png?25x20}}: Composés validés en OK (uniquement pour les composés de type autre que « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image200.png?20x21}}: Composés validés en KO (uniquement pour les composés de type autre que « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image283.png?27x22}} : Composés validés en Detected (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image284.png?24x21}} : Composés validés en Not Detected (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
    * {{:fujitsu:alphacod:manual:image285.png?21x19}} : Composés validés en Relance (uniquement pour les composés de type « Echantillon » ou « Autre »)
  * Les filtres sur la recherche:

La recherche porte sur les valeurs affichées dans les colonnes de la table [[#panneau-table-danalyses|__Panneau Table d’analyses__]]. L’application de ce filtre « recherche » est aussi effectuée sur le [[#panneau-chromatogrammes-danalyses|__Panneau Chromatogrammes d’analyses__]]. Lorsqu’une saisie est présente dans le champ de recherche, une croix apparaît permettant de supprimer cette saisie de recherche et retirer le filtre appliqué par celle-ci au tableau :

Sur les filtres d’état, de validation et divers, une bulle est affichée dessus pour indiquer le nombre d’éléments correspondant au filtre : {{:fujitsu:alphacod:manual:image202.png?30x23}}.

Lorsqu’un filtre est activé, son thème change passant du gris à la couleur secondaire choisie (par défaut, orange) :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image334.png?38x25}} {{:fujitsu:alphacod:manual:image335.png?48x25}}

Le panneau d’information peut se réduire afin d’augmenter la zone d’affichage pour les autres panneaux. En survolant le panneau, une coche apparaît :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image194.png?68x25}}

En cliquant dessus, la coche s’inverse et le panneau se rétracte :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image195.png?596x31}}

En mode rétracté, la coche est toujours visible.

===== Panneau Table d’analyses =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image336.png?550x124}}

Le tableau de résultat contient des colonnes triables, la sélection multiple et la customisation comme expliqué en __3.3__.

Un clic sur une ligne du tableau permet d’afficher le graphe de calibration de l’analyse dans le __Panneau Calibration__ (le texte {{:fujitsu:alphacod:manual:image204.png?72x26}} est affiché si aucune sélection, ou {{:fujitsu:alphacod:manual:image316.png?71x23}} si la sélection est un ISTD), la ligne passe ainsi avec un fond coloré permettant de repérer quel ligne du tableau correspond au graphe affiché. Le [[#panneau-chromatogrammes-danalyses|__Panneau Chromatogrammes d’analyses__]] scroll automatiquement pour visualiser le chromatogramme associé.

Un double clic sur une ligne permet d’ouvrir l’analyse dans sa [[#vue-analyse|__Vue Analyse__]].

Certaines valeurs du tableau peuvent être affichées en couleur. Cela veut dire que de l’information supplémentaire est visible. La couleur défini le niveau du message (Info, Warning, Error). En survolant la valeur, une bulle de détail s’affiche :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image317.png?322x91}}

Détails des colonnes spécifiques :

  * Sélection (voir __Tables__):
    * Choix de multi-sélection possible si l’analyse est de type autre que « échantillon » ou « autre » :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image318.png?77x29}} : Validation OK / Validation KO / Validation relance.

  * Choix de multi-sélection possible si l’analyse est de type « échantillon » ou « autre » :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image319.png?76x28}} : Validation Detected / Validation Not Detected / Validation relance.

  * Choix de multi-sélection possible si les analyses sont de type mixtes :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image337.png?116x29}} : Validation Detected, OK / Validation Not Detected, KO / Validation relance.

**ℹ** Lors d’une sélection multiple où les analyses sont de type mixtes, une fenêtre de sélection plus fine s’affiche :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image338.png?354x168}}

  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image339.png?32x18}} : Garde la sélection d’origine active. Aucune modification de la sélection n’est faite.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image340.png?54x19}} : Ne garde de la sélection d’origine que les analyses de type « échantillon ». Une pastille permet de connaitre le nombre d’analyse comprises dans ce type : {{:fujitsu:alphacod:manual:image341.png?12x11}}.
  * {{:fujitsu:alphacod:manual:image342.png?46x17}} : Ne garde de la sélection d’origine que les analyses de type « autre ». Une pastille permet de connaitre le nombre d’analyse comprises dans ce type : {{:fujitsu:alphacod:manual:image343.png?17x13}}.

  * Flags (voir __Flags__)
  * Req : les pictogramme {{:fujitsu:alphacod:manual:image320.png?24x20}} indique que le composé est demandé par le client
  * Modified (voir __Modification__)
  * Validation (voir __Validation__) :
    * Choix possible de validation si l’analyse est de type autre que « échantillon » ou « autre » :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image205.png?25x23}}validation en OK, {{:fujitsu:alphacod:manual:image206.png?22x18}}validation en KO, {{:fujitsu:alphacod:manual:image321.png?25x21}} validation en relance.

  * Choix possible de validation si l’analyse est de type « échantillon » ou « autre » :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image322.png?25x22}} validation en detected, {{:fujitsu:alphacod:manual:image323.png?20x20}} validation en not detected, {{:fujitsu:alphacod:manual:image321.png?25x21}} validation en relance.

  * M/Z : Possibilité de choisir la transition (channel principal) du composé via une liste déroulante :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image324.png?89x84}}

La transition courante est affichée sur fond gris.

===== Panneau Chromatogrammes d’analyses =====

{{:fujitsu:alphacod:manual:image344.png?526x202}}

Le panneau de chromatogrammes est une vue différente des analyses affichées dans le [[#panneau-table-danalyses|__Panneau Table d’analyses__]]. Elle affiche pour chaque analyse le chromatogramme sous forme d’une grille.

Un clic sur un chromatogramme permet d’afficher le graphe de calibration de l’analyse dans le __Panneau Calibration__ (le texte {{:fujitsu:alphacod:manual:image204.png?72x26}} est affiché si aucune sélection, ou {{:fujitsu:alphacod:manual:image316.png?71x23}} si la sélection est un ISTD), le chromatogramme passe ainsi avec un fond coloré permettant de repérer quel chromatogramme correspond au graphe de calibration affiché. Le [[#panneau-table-danalyses|__Panneau Table d’analyses__]] scroll automatiquement sur la ligne du composé associé correspondant.

Un double clic sur une ligne permet d’ouvrir le l’analyse dans sa [[#vue-analyse|__Vue Analyse__]].

Le curseur sur la gauche permet de modifier la taille des tuiles de la grille :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image345.png?282x186}}{{:fujitsu:alphacod:manual:image346.png?212x133}}

Pour le détail des chromatogrammes, voir le chapitre __Chromatogramme__.

===== Panneau Calibration =====

Pour le détail de la calibration, voir le chapitre __Sous panneau graphique__.

======  Convertisseur de fichier de méthode ======

Si le format de méthode du fichier est pris en charge par la plateforme COD, cet outil permet de convertir un fichier de méthode ou d'autres fichiers compatibles en un fichier de méthode standard au format COD (.cod.xlsx).

Pour utiliser l'outil, cliquer sur : 
{{:fujitsu:alphacod:manual:image349.png}}

Une fenêtre apparaîtra alors :

{{:fujitsu:alphacod:manual:image350.png}}

Dans cette fenêtre, cliquer sur le bouton « Télécharger le fichier de méthode » et sélectionner un fichier de méthode compatible depuis l'explorateur de fichiers.

Ensuite, une configuration de référence peut être choisie, ce qui est recommandé dans la plupart des cas si elle est disponible. Cela permettra de conserver certaines informations d'un fichier de méthode COD existant, comme les paramètres de chromatogramme pour différents composés.

Si une configuration de référence n'est pas utilisée, un nom de fichier devra être spécifié.

Une fois tous les paramètres configurés, cliquer sur « Convertir ». Si le fichier est traité avec succès, un fichier .cod.xlsx sera généré et téléchargé sur l'ordinateur.

====== Résolution de problème lié aux préférences utilisateur ======

Suite à des modifications manuelles des préférences utilisateur (__Panneau de préférences utilisateur__), il peut arriver que ces préférences utilisateur modifiées entrainent un blocage de l’interface de l’application. Ce peut empêcher d’afficher le menu principal de l’application et donc d’accéder au panneau des préférences utilisateur afin de corriger l’erreur.

Pour répondre à ce problème, une page spécifique accessible via l’url suivante permet de résoudre ce problème :

https:%%//%%[base_url:port]/[plateforme]/?clean

{{:fujitsu:alphacod:manual:image347.png?604x317}}

Cette page web n’affiche qu’un gros bouton {{:fujitsu:alphacod:manual:image348.png?21x21}} en son centre. En cliquant sur le bouton, toutes les préférences utilisateurs sont effacées et remises dans leurs valeurs par défaut.

⚠ Cette action est irréversible, toutes les préférences de l’utilisateur sont perdues.